菌群移植移植途径的选择：CDI患者优先结肠镜或鼻肠管行FMT，如无条件可考虑口服胶囊或灌肠行FMT（1A）Meta分析显示，无论经结肠镜、鼻肠管，还是口服胶囊行单次或多次FMT，对CDI的疗效均明显优于万古霉素标准诊疗，其中口服胶囊的效果不劣于结肠镜；但因粪菌胶囊研究刚刚起步，缺乏指南与参照标准，且患者一次性需吞食较多胶囊，故不作为优先推荐。鼻肠管法效果稍逊于结肠镜，但考虑到留置鼻肠管便于反复多次输注菌液，也有利于同时给予肠内营养支持诊疗，故作为优先推荐。经肛门保留灌肠行单次FMT效果与万古霉素标准方案相当；明显低于结肠镜FMT，但保留灌肠FMT整体疗效并未明显低于结肠镜FMT整体疗效，预示着重复多次菌液输注可能提高灌肠FMT的疗效。故保留灌肠法在无条件行结肠镜或鼻肠管时可考虑采用。此时，应重复多次菌液输注，而不应该只给予单次输注！研究显示，菌群移植在改善肠道健康方面展现出巨大潜力！上海肠道菌群移植技术及其过程
菌群移植应建立不良反应及处理流程：1.建立不良反应上报制度（2C）2.执行严格的入选和排除标准，FMT诊疗前评估并发症风险（1C）：（1）误吸风险，如高龄、卧床、贲门关闭不全等高风险者禁用鼻肠管途径，给予口服胶囊或结肠镜FMT途径；（2）肠源性风险，如全身及肠黏膜屏障功能严重受损应禁用FMT诊疗（1C）3.症状轻（以头晕、恶心、胃肠道不适等为主诉）的患者，观察即可（1C）4.中度症状对症处理，不能缓解予以暂停FMT诊疗（2D）5.症状严重（由鼻肠管途径导致的咽喉部疼痛、恶心、呕吐等）者，对症处理不能缓解，给予拔除鼻肠管，改口服胶囊、结肠镜或灌肠移植途径（2D）6.症状严重者，暂停或终止FMT诊疗并对症处理；体温≥39℃者需排除肠源性***（2D）7.怀疑肠源性症状时，立即终止FMT诊疗，检测供体和受体粪便致病菌，留取血培养检查，补液等诊疗（1C）8.极重度症状如并发生命体征异常者，立即终止FMT诊疗，同时针对靶诊疗（1C）.上海自闭症孩子菌群移植个性化菌群移植方案，针对患者特定需求，实现精确医疗！
本研究通过小鼠模型揭示了人类炎症性肠病（IBD）患者的肠道微生物群移植（FMT）效率是实验变异性的一个重要来源，而适应于小鼠环境的人类IBD患者肠道微生物群则能高效稳定地转移，导致更为一致和可重复的结肠炎表型；2直接从人类转移到小鼠的FMT导致了微生物群组成的高度个体间变异，而经过小鼠适应的FMT则显示出低变异性和高一致性；3小鼠适应过程中的炎症环境塑造了更具攻击性的微生物群，这在连续移植到IL-10基因敲除小鼠中引起了更严重的结肠炎；4以上发现支持一种IBD发病机制模型，即宿主炎症促进了具有攻击性的常驻细菌的扩张，进而加剧了由肠道炎症引起的菌群失调；5本研究结果提示，优化的小鼠适应人类微生物群模型可以作为研究人类微生物群驱动的疾病表型的有力工具。
近年来，随着人口老龄化进程不断加快，人民慢性病疾病负担日益沉重，成为影响国家经济社会发展的重大公共卫生问题。例如，我国的constipation患者超过2亿；我国IBD患者近十年的发病人数达到前面十年的2.5倍，目前预计约有150万患者；我国消化道疾病特别是Colorectalcancer呈现快速增加的趋势，每年Colorectalcancer的发病人数达到37.6万人，且仍在以4.2%的速度快速增长；我国自闭症现存人群约有1000万；我国抑郁症人群近6000万；我国超重和肥胖患者达到3亿人，其中肥胖患者超过9000万。目前的研究发现肠道菌群与慢性疾病之间存在紧密联系，菌群移植可以通过人为调节人体肠道微生物达到缓解疾病的目的，极具临床应用前景！靶向肠菌改善糖尿病周围神经病变。
粪菌移植(fecalmicrobiotatransplantation,FMT)作为重建肠道菌群的有效手段，已用于难辨梭状芽孢杆菌(Clostridiumdiffcile)infect等多种菌群相关性疾病的改善和探索性研究，并被认为是近年的突破性医学进展。然而，这不是一项单纯的技术，而是一种体系。如果假设该体系健全，而且假设FMT很终被证明可以用来有效改善特定状态(或特定类型)的难治性肠道infect、难治性炎症性肠病、癫痫病、肝病、tumor合并的肠道疾病、糖尿病合并的神经病变以及自闭症合并的过敏症等(统称肠道菌群相关性疾病)，那么，这在医疗技术类型和学科分类构架中又如何定位FMT呢！菌群移植研究揭示，微生物群落失衡与多种慢性病有关联。上海菌群移植进展
移植后的菌群需要一定时间在患者肠道内定植和生长，发挥作用。上海肠道菌群移植技术及其过程
中国医学科学院北京协和医学院团队进行了一项随机双盲安慰剂对照临床试验，对粪菌移植（FMT）应用中度至重度成人特应性皮炎（AD）的有效性和安全性进行评估；
2与安慰剂组相比，接受FMT应用的患者在湿疹面积和严重程度指数（EASI）评分以及达到EASI 50（EASI评分降低50%）的患者比例方面有更大的改善，且试验期间未发生严重不良反应；
3FMT应用降低了外周血单核细胞中Th2和Th17细胞的比例，以及血清中TNF-α和总IgE的水平，而NK细胞上IL-12p70和穿孔素的表达水平增加；
4FMT改变了患者的肠道微生物群落物种和功能途径的丰度，特别是Megamonas funiformis的丰度以及1,4-二羟基-6-萘甲酸生物合成II途径；
5在中度至重度成人AD患者中，FMT是一种安全且有效的应用方法，而且该应用改变肠道微生物群的组成和功能。 上海肠道菌群移植技术及其过程
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